BFT là một công nghệ mới được ứng dụng rộng rãi trong nuôi trồng thủy sản. Khi bổ sung nguồn cacbon theo một tỷ lệ phù hợp cùng với lượng nitơ sẵn có trong môi trường ao nuôi sẽ giúp cho vi sinh vật dị dưỡng phát triển, chuyển hóa các hợp chất chứa nitơ thành protein trong sinh khối làm thức ăn tự nhiên cho cá, tôm.

Hiện nay, BFT được ứng dụng phổ biến trong nuôi trồng thủy sản ở nhiều nơi trên thế giới.